疫情衝擊，醫院暫停部分手術及檢查，部分科別醫師薪水暴跌，從原本月薪十、廿萬元掉到只剩一、兩萬。為幫助醫院度過難關，健保署署長李伯璋表示，規畫將第三季預撥費用的比率提高至去年同期九成，今將開會討論，最快下周開始撥款。
台灣社區醫院協會理事長朱益宏表示，私人醫院並無公家預算，所有的錢都要靠醫院自己賺，受疫情衝擊大於公立醫院。部分私人醫院主治醫師的底薪很低，疫情期間病人銳減，收入大受影響，健保署願意補助到去年同期的九成，對醫療院所的幫忙相當大，至少薪水發得出去。
為了讓醫院正常營運，健保署六月宣布分三階段挹注健保現金費用，今年第二季按照前年第二季核定費用的八成，以現金預撥，六月已撥付將近四百億元。
李伯璋表示，今年第三季將比照去年第三季給付金額的九成，一次撥給醫院，但若第三期申報超過去年同期，就不能多領。
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