受到新冠肺炎疫情影響，民眾就診率降低，醫療院所營運受到威脅，健保署年初提出「提升暫付金額方案」，健保署今宣布，今年撥付給各醫療院所的暫付款，並非是醫療院所實際的收入，因此與財政部討論，決議由健保署提撥的暫付款不會列入明年的稅額，不過後續疫情趨緩後將會逐步規畫還款計畫，回歸正常機制。
健保署醫審組科長林右鈞表示，健保一直以來的核付機制為醫療院所每個月申報給健保署後，健保署會在15天內，提撥部分暫付款，最後再給予足額款項。
而今年二月起辦理「提升暫付金額方案」，醫療院所每月申報費用後，若是低於同期，將直接給予去年同期的申報量，且申報後15天內，健保署直接提撥全額的暫付款，不過該提升暫付金額方案，僅執行今年一到八月，九月後因應疫情穩定，則恢復正常申報程序。
林右鈞表示，由於提升暫付金額方案等於是健保署先借款給醫療院所紓困，不算是醫療院所真正的營收，各醫療院所擔心，明年的稅務是否會納入收入扣稅，經過討論後，今年一到八月的暫付款並不會納入明年所得稅之中。
林右鈞表示，國內疫情日趨穩定，今年每月暫付金額低於去年同期核定金額之差額，未來將進行補付，於結算後如有超付款，目前規畫將於明年年底前將全數收回。
根據健保署統計，今年一到九月的醫院申報量呈現負成長減少0.3％，其中基層診所減少2.5％；林右鈞表示，雖然整體的申報量減少，但今年還是有醫療院所的申報量比去年同期高，而去年一到十二月核付的健保費用為6660億元。
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