今年公費流感疫苗第一階段於10月1日施打，傳出系統當機，自昨日至今日下午3時仍無法運作，導致醫療院所無法順利上傳接種資料。衛福部疾管署副署長莊人祥指出，系統因出現CPU效能滿載，資訊室系統資訊人員持續搶修，過去流感疫苗系統未出現過類似情形，仍在進一步追查原因。
國內基層診所也紛紛傳出災情，兒科醫師指出，從昨日至今日登入公費流感疫苗管理系統，沒辦法順利上傳資料，近六日也剛好有遇到未開診的狀態，希望系統可以盡快修復完畢。疾管署指出，在系統修復前，請院所採紙本錄接種數並自行留存，待通知系統修復後，再依各別日期補回報至系統。
莊人祥指出，去年公費流感疫苗開打沒有出現過類似問題，但今年有這樣的突發狀況，排除是打氣增加，使流量大增，相關人員也在積極了解搶修中，但對於民眾接種公費疫苗的數據仍無法即時更新，須待系統修復完畢，後續資料上傳後才有完整數據。但民眾施打流感疫苗跟新冠疫苗撞期，須間隔七日施打，依舊仍查核的到疫苗接種紀錄，兩項系統並不會受影響。
衛福部疾管署通知指出，由於流感疫苗上傳系統連日因CPU滿載，出現異常，致使用者無法連線，資訊部等系統人員已於當日及連夜經新增系統主機資源、分流、調整主機部署、關閉及重啟服務，持續槍修並趕工追查相關肇因。
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