指揮中心自6月1日起，於六都設立7個兒童BNT疫苗大型接種站，提供5至11歲兒童接種，今為端午節連假第2天，相較昨天7802名孩童接種，今僅接種4066名孩童。指揮中心醫療應變組副組長王必勝認為，有可能因為連假出遊、或是安排校園接種，因此施打人數較少。
指揮中心統計，6月4日各大兒童疫苗施打站數據，包括台北中正紀念堂715人，新北板橋車站770人，桃園巨蛋377人，桃園平鎮婦幼館219人，台中科博館833人，台南圖書總館216人，高雄展覽館936人。今總共完成4066人接種，開站4天累計24728人接種。
針對端午連假第二天打氣卻銳減，王必勝表示，昨天是連假第一天，可能大家有空都來接種，今天是假期中間，推測民眾會安排出遊或其他行程，另外有些縣市今日安排校園接種，像是桃園今有大規模校園接種，因此接種站人數較少，台南5至11歲兒童施打率最高，為6成。
王必勝表示，明天是接種站最後一天，完成階段性任務後，7個疫苗接種站將會撤離，兒童疫苗接種後續將回歸3個管道，包括醫院、診所及校園接種。
莊人祥表示，六都的7個兒童疫苗接種站，每一站都可以施打2000至3000人，明天是接種站最後一天，呼籲符合接種但尚未接種的小朋友，家長可以趕快帶孩子來施打。
國內5至11歲兒童從5月初開打疫苗，包括莫德納及BNT。指揮中心統計至6月3日，六都的5至11歲兒童疫苗接種率，包括北市48.5％、新北44.5％、桃園48.9％、台中61.3％、台南70.9％、高雄67.0％。
先前北部疫情嚴峻，不少孩童也接連染疫，若染疫後需3個月才可接種。針對雙北兒童接種率偏低，莊人祥表示，新北6月6日還有規畫兒童接種疫苗，也向中央領取9000劑疫苗，中央會再發放給新北；據他所知北市已於6月2日完成校園接種，不清楚北市是否再規畫兒童疫苗接種。
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