國內開放青少年可施打第二劑BNT疫苗，中央疫情指揮中心呼籲要延長至12周以上施打，其心肌炎比例可降為與施打第一劑時差不多，但仍有相當風險。至於一般國人施打第三劑追加劑，與第二劑疫苗是否相同，其安全性並無太大問題。
目前有許多民眾已經接種完二劑新冠疫苗，包含施打二劑同品牌疫苗或混打者，在面臨第三劑疫苗時，該如何選擇。ACIP召集人、台大小兒感染科醫師李秉穎表示，其中混打者可能局部不良反應較高，但混打或施打同品牌疫苗者，在抗體效果也差不多。
但他提醒，不同疫苗仍有不同風險，如腺病毒疫苗，如AZ有血栓問題，而BNT疫苗疫苗在30歲以下族群有心肌炎問題，但經ACIP專家討論後，開放第三劑讓民眾自由選擇，可選擇施打高端、AZ或mRNA疫苗。
防疫醫師陳婉青表示，根據美國研究，青少年於三至四周，施打BNT施打第二劑的心肌炎機率，是第一劑的10倍上下，國內目前有110萬名青少年接種第一劑BNT疫苗疫苗，仍有2例青少年尚未出院，其中1例剛住院不久。
李秉穎指出，國外仍有國家暫緩青少年接種二劑，但即使青少年染疫重症風險低，接種第二劑BNT疫苗仍利大於弊，「自然感染引起心肌炎機率，遠大於疫苗引起的心肌炎，還可能引起其他病發症，甚至重症及死亡。」
他也認為，青少年也是防疫不可或缺的一環，包含五月本土疫情爆發，學校班級群聚導致停班停課，造成很多社會負擔和家戶感染，也會傳到其他學校，變成社區傳播鏈重要一環，「不能只看重症風險，也要考慮群體，仍建議打第二劑，但沒有強迫性施打。」
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