國內即將於9月23日開放BNT疫苗於校園接種，對象為12-17歲青少年，目前家長同意學童施打比例達九成多，但其副作用之一的心肌炎、心包膜炎等，讓不少本身患有心臟疾病等學童也擔心是否有接種必要。台大兒童醫院教授、台灣兒童醫學會副秘書長邱舜南指出，多數心臟疾病者只要在病情穩定狀態下經醫師評估可以接種，但若病情不穩，建議先透過治療待穩定後再行接種。
邱舜南指出，大部分心臟病使患者都可以接種新冠疫苗，如冠狀動脈、心肌梗塞、穩定性心臟病衰竭、風溼性心臟病、心律不整、川崎氏症，天生性心臟病和植入式心臟裝置者。但打完疫苗前幾天容易有相關症狀，如果病人發燒劑容易心率不整或心臟衰竭加重，要控制發燒情況。
特別要注意的是，有發炎性心臟即便如心肌炎、心包膜炎、心內膜炎，如果過去體內抗體有發生，會不會施打疫苗又再度發生不一定，所以要特別注意，此外像急性風溼熱、擴張性心肌病變者病情不穩，需要注射強心劑，或者患有複雜跟嚴重先天性心臟病且病況不穩，急性代償性心衰竭、心臟移植者，如果情況穩定可以施打，不穩定就先穩定再做施打。
校園接種站也曾傳出是否要設立心電圖等，在以評估是否該讓學生進行施打。他則指出，不建議在疫苗施打前進行心電圖是否施打，大部分心律不整患者也能施打，反而可以在接種後可以進行心電圖等檢查進行觀測，現在很難從病理切片得知是感染性或接種型心肌炎。
指揮中心也提醒民眾若有五大症狀，如胸痛、心悸、心跳不規則、運動耐受性不良、暈厥和呼吸急促，一但有症狀需要盡快就醫。衛福部次長石崇良表示，目前針對青少年接種BNT疫苗，也已規劃好後相關監測及後續醫院的後送及轉診。
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