根據疾病管制署9月15日最新發布的新冠肺炎疫苗安全性監測報告，有五種不良事件的通報值高於背景值，包括心肌炎、心包膜炎、腦靜脈竇栓塞、視神經炎、過敏性休克。報告中提到部分年齡性別分層有上述現象，未指明是何年齡或性別，強調尚無法判斷與疫苗的因果關係，仍應持續監測。三軍總醫院一般眼科主任呂大文提醒，若接種後發現視力變差建議前往急診，可能是視神經炎或血栓引起眼中風。
截至9月8日，18到50歲民眾共接種532.3萬劑疫苗，通報3331件不良事件、50到64歲民眾接種329.4萬劑疫苗，通報1528件不良事件、65歲以上民眾接種304.4萬劑疫苗，通報1960件不良事件；上述三個年齡層的不良事件通報率都是千分之0.6。
上述不良事件中，心肌炎或心包膜炎有17件，個案介於21.5到85.8歲，發生於疫苗接種後1到29天。腦靜脈竇栓塞8件，介於30.7到60歲之間，發生於接種後3到25天。視神經炎4件，介於28.3到60歲，發生於接種後1至21天。過敏性休克28件，介於18.8至73.7歲之間，發生於接種後5分鐘至1天。
呂大文表示，視神經炎與免疫疾病有關，疫苗也可能引起周邊神經發炎，視神經屬於比較細的周邊神經，一旦發炎，感覺會特別明顯。主要症狀是視力模糊、有種脹感，大部分經過治療可以慢慢自行恢復，少部分比較嚴重能需要大劑量類固醇才能壓抑發炎反應。提醒民眾如果接種疫苗之後視力變差，應儘速前往急診，可能是視神經炎，也可能是血栓導致眼中風。
疾管署資料顯示，台灣接種AZ或莫德納疫苗發生過敏性休克的通報率分別為每百萬劑2.8件（AZ）、每百萬劑1.9件（莫德納），高於英國之通報率每百萬劑16.6件（AZ）、每百萬劑15.2件（莫德納）。至於其他疫苗接種後出現過敏性反應之發生頻率，麻疹疫苗為每百萬劑1至10 件，破傷風疫苗為每百萬劑1至6件，季節性流感疫苗為每百萬劑1.35 件。
另外有關已知AZ疫苗的罕見不良反應，血栓併血小板低下症候群(thrombosis with thrombocytopenia syndrome, TTS) ，截至9月8日共接獲56件疑似TTS通報案，其中52件為接種AZ疫苗，4件為接種莫德納疫苗，通報率為每百萬劑7.5件，低於歐美每百萬劑10至20件。52件通報案當中有17案已在8月23日經專家會議審議確認，剩下39案也符合個案定義納入原則，但仍待專家會議審議。
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