針對民間協助購捐疫苗一事，孫文學校總校長張亞中在5月31日及6月2日分別致函衛福部，請示該部是否願意接受他受大陸台商及大陸親台友人所捐贈的德國BNT及大陸國藥疫苗各500萬劑。張亞中表示，衛福部6月21日回文表示要準備八項文件，他再發文衛福部盼取得政府授權，8月15日再收到回文，衛福部明確表示「本部無法提供授權捐贈」。
衛福部在記者會中表示，張亞中只以「一張紙」申請捐贈。張亞中表示，他多次透過媒體向衛福部表達「捐贈意願」，捐贈方已表示，如果政府願意接受，會立刻提供政府所需要的所有資料，並即安排航班及捐贈事宜；大陸方面國台辦也表示，知悉大陸人士捐贈事，並表示樂於促成，疫苗類型由台灣方面決定。
張亞中說，佛光山也是以「一張紙」表達捐贈意願，可是衛福部卻願意與佛光山聯繫，但是衛福部自始至終，既無電話，也沒有派人與他聯絡。一直到6月21日，張亞中才收到衛福部的回函，回函中並沒有明確表達是否願意接受捐贈，而只是重申要準備八項文件，才得向衛福部食品藥品管理署「提出申請」。另外，在回函中也表示，依據目前國貿局的有關規定，中國大陸所生產的生物藥品，不准輸入。
張亞中表示，他於6月22日再致函衛福部，從永齡基金會與台積電的經驗可知，若無政府事先授權，事前準備八項文件根本沒有實質意義。衛福部是否願意接受捐贈以及是否願意授權委託民間處理才是問題的關鍵。
張亞中說，從年初以來，「疫苗夠了」一語就頻頻出現在政府官員口中。2月間，陳時中即宣稱政府採購的疫苗「已經夠用」；在衛福部採購BNT破局後，不同政商管道企圖牽線協助採購，總統府的答覆也都是「疫苗夠了」。5月底首批莫德納疫苗抵台，陳時中再度強調「今年已經夠用了」；慈濟表態要購捐BNT疫苗時，政府起初也以「已經夠了」阻擋。
張亞中還說，國民黨籍若干縣市長希望衛福部同意其自購德國BNT疫苗。衛福部也表示，目前疫苗已足夠了。如此做法，說穿了，一則是想拒絕經手大陸代理的疫苗，一則想保留一塊市場大餅給兩家國產疫苗，即政府5月底與高端和聯亞簽約的一千萬劑。
張亞中表示，他於8月15日再收到衛福部的公文（衛福部是7月9日發文，但由於寄錯地址，8月15日才收到），衛福部沒有告知，是否願意接後捐贈，而是明確表示「本部無法提供授權捐贈」，其意非常明確，衛福部不接受他捐贈疫苗事。
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