國內進行大規模疫苗接種,指揮中心表示會提高基層醫師的接種費及處置費,但至今尚未拿到相關費用。對此,指揮官陳時中指出,目前關於3月22日至6月30日費用,是委託健保署進行處哩,預計8月12日撥款給健保署,8月16日發放給各醫院。基層診所醫師接種業務費和處置費還遲遲未拿到,陳時中表示,8月9日已行文至健保署,會於8月12日撥款給健保署,並於8月16日將費用給個醫院,由於行政較為繁複,需要等待。至於未來會採取每月結算每月發放的方式,如6、7月的處置費,論接種人次的獎勵費用會在8月底前發,希望能盡快趕上。至於績效獎勵是按季結算,例如6月至9月結算、10月發放。