台大醫院企業工會昨發表聲明指出，台大醫院一開始宣布的疫苗接種假，優於政府法規，維持原薪，但6月16日更改規定，今後第二劑接種假都改為「不支薪」，工會對此表達遺憾和反對。台大醫院院長吳明賢今表示，第一劑疫苗施打不踴躍，所以另外給員工兩天有薪假，但AZ第二劑副作用機率較低，因此改成不支薪，與全國規定一致。
工會聲明表示，現行政府法規為鼓勵員工接種、擴大防疫效果，公告接種日至次日24時得申請「不支薪」疫苗接種假。台大醫院一開始即宣布優於政府法規之規定，給予「維持原薪」的疫苗接種假，工會也於3月27日曾發文表示肯定。
理想狀況雖美好，但工會後來接獲不少請疫苗假受阻的申訴，甚至有部門主管直接改班表，把休息日和上班日對調，讓同仁失去使用疫苗接種假的機會，可說是變相吞掉了一天假。和主管反映，主管也是只是不耐煩地表示「不是都讓你休息了？」向人事室反應，人事室也只說會協助加強溝通。
院方6月16日又更改請假規則，所有第二劑疫苗接種假皆改為「不支薪」，工會批評此舉為大開勞權倒車，未將員工福祉放於第一位考量，工會深表遺憾，也嚴厲表達反對，並向中央喊話，希望政府能夠給予醫護一個不扣薪的疫苗接種假。
院長吳明賢表示，第一劑疫苗施打率不踴躍，另外給兩天有薪假是額外支薪、額外福利，優於中央規定是為了鼓勵同仁施打。考量到第二劑疫苗副作用會比較低，加上施打比例高，所以如果第二劑有不舒服，還是可請疫苗假，但就改成不支薪，與全國規定一致。
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