秋冬專案自12月起實施，新規定要求包含國人所有入境者皆須檢附三日內核酸檢驗陰性證明。國民黨立委蔣萬安今於立法院衛環委員會質疑此舉違憲，且質問若是無法取得證明而回不了國，該向誰請求救濟。指揮中心指揮官陳時中表示，提起救濟是國人的權利，向哪個單位提起「都可以」，至於是否合憲，會再向相關單位請教。
蔣萬安首先就規定海外國人登機前要提供陰性報告，詢問陳時中法律依據為何。陳時中表示是依照傳染病防治法而定。但蔣表示，憲法規定人民有遷徙自由，也明定國民可隨時返回本國，即便依照傳染病防治法，也不能牴觸憲法；並進一步追問陳時中，制定相關規定時，會議中其他單位是否有討論合憲問題？
陳時中表示，會議中對限制國人有各種不同意見，但是否違憲「倒沒有人提出來」。他進一步解釋，歐美整體疫情嚴峻，因此考量到萬一有破口，國內醫療量能無法負荷，且為避免移動的染疫風險，因此提出這項政策。至於是否合憲，將再請教其他相關單位。
但蔣萬安質疑，衛福部是否先就現行防疫措施，包括居家檢疫、集中檢疫所、機場採檢等防疫措施進行盤點，應採取對人民權利最小侵害的手段，非不得已才能動用較高的侵害手段。若是未來民眾真的無法提出陰性證明，而無法登機，該向誰救濟，「航空公司、疾管署、交通部還是移民署？」
陳時中則回應，「都可以，這是人民權利」，更表示如國人在國外無法醫療，或是該國根本沒有對無症狀進行篩檢，而無法取得證明者，還是可以登機回來，但進來需要自費採檢。
至於無法如期取得證明者，除非拿出特別證明，才能申請專案入境。但陳時中並未就何謂特殊情況進行解釋。
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