對於媒體報導，桃園機場在9月1日起新冠肺炎核酸檢測採檢從原來的「咽喉拭子」改為「深喉唾液採檢」，中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥表示，過去一個多月已經比對過兩者的檢驗結果，發現一致性高，採行後檢疫天數及症狀採檢原則不變，並不影響防疫安全。專家小組召集人張上淳今年4月時曾說，這是SARS時用過的方法，對於採檢人員來說感染風險相對較低。
莊人祥表示，桃園國際機場於7月2日至8月24日期間，對1226名旅客同時採集「深喉唾液」與「咽喉拭子」檢體及送實驗室進行核酸檢測。
結果發現，深喉唾液及咽喉拭子檢體皆陽性共12人、深喉唾液為陽性但咽喉拭子為陰性有8人、深喉唾液為陰性但咽喉拭子為陽性有4人、兩者皆陰性計1202人。經分析統計。兩者檢驗結果一致性高(Kappa值0.66)。不過由於深喉唾液採檢並未定義黃金標準，故不特別計算敏感性。
指揮中心說，機場入境旅客「深喉唾液」採檢陰性的旅客，於入境檢疫14天期間，若症狀未改善或持續， 依現行作業將還是會被通報及再次採檢，不會影響防疫安全。
中央流行疫情指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳今年4月曾經表示，香港很早就有報告指出唾液檢體可以得到陽性結果，台大也從第二個照顧到的確診個案開始試用類似方法。作法是用漱口的方式，讓病人含10至15毫升生理食鹽水，盡量漱到喉嚨部位，並吐到無菌容器，再進行檢測，確實有驗到病毒。
張上淳說，這個方法早在SARS期間有試用過，可避免咽喉採檢，以及病人作嘔造成醫護感染風險。但唾液檢測的敏感度是否百分之百，還需要經過驗證。
「我們從香港的報告中發現，是可以用唾液的檢體，也可以得到陽性結果。而台大醫院照顧第二個案開始，也有曾經利用漱口水法，讓病人含著生理食鹽水，漱口到喉嚨比較後面的部位後，再吐出在無菌的罐子內，再來做檢測，是可以得到陽性的結果，而這樣的檢測方式，也曾經運用在SARS當中。」
張上淳表示：「因為採集喉嚨檢體時，患者容易不適咳嗽，很容易增加飛沫噴出來的機會，讓醫護人員覺得相對危險，但利用漱口的方式是可以取代掉其他的採檢方式，但只是敏感度是否有到100%還需要經過驗證。」
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