中央流行疫情指揮中心存廢問題備受關注。衛福部長薛瑞元今表示，指揮中心成立後，不管指引、命令、藥品、快篩、疫苗緊急使用授權（EUA），有些條件是跟指揮中心存在「掛在一起」，要解散還有很多事要做。指揮官王必勝說，若指揮中心現在解散，很多疫苗、藥物「立刻不能用」需銷毀，必須透過兩種方式解決，一是請廠商申請正式藥證、二是由主管機關提出EUA「終止時間」，才能和指揮中心脫鉤。
王必勝表示，現在所使用新冠疫苗、藥物的EUA，有些是掛在指揮中心內，也就是與指揮中心同進退，若指揮中心要解散，EUA就會充滿不確定性。因此未來疫情後，這些藥物若還要使用，就必須透過兩種方式，一是請廠商盡快申請正式藥證，正式藥證所需資料較多、審查時間較長，需要盡快處理；二是，若無法申請正式藥證，會請當初申請EUA的單位定出EUA終止時間，如此一來可和指揮中心脫鉤。
王必勝表示，可針對疫苗、藥物訂出「EUA終止時間」的單位，主要是主管機關，包括衛福部疾管署、食藥署或其他部會，這些事也是指揮中心收尾的重要任務之一，目前都在進行。至於「終止時間」如何訂定，王必勝舉例，像是將藥物的期限拉到民國112年12月31日，使用期限拉長一點，指揮中心解散時，就不會被銷毀。
王必勝說，當初發給藥物、疫苗EUA要列管於哪一個單位，根據藥事法48-2條「中央衛生主管機關得專案核准特定藥物之製造或輸入」，是「可以選擇的」，但過去根據SARS經驗，以為疫情幾個月就會結束，甚至還在研發SARS疫苗時疫情就終止了，因此大多與指揮中心掛在一起，沒料到新冠疫情拖了3年。
王必勝表示，經詢問食藥署，有些廠商原先申請EUA現在已與指揮中心「脫鉤」，有些則還在處理中，因此現在指揮中心不能馬上裁撤，不然有些EUA就會受影響，某些藥品會隨著指揮中心解散EUA就消失，唯一處理方法只剩銷毀。
他表示，萬一疫情後常態期間還是要使用這些藥物，指揮中心裁撤後藥物會被銷毀、很浪費，希望盡快按照上述兩方向處理。
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