繼北京後，包括上海等多個城市也開始對部分入境旅客採肛門拭子檢測。該項檢測被指讓人「壓力極大」，繼美方提出抗議後，日方也進行交涉，要求日本公民免除肛拭子檢測。南韓外交部2日也發出通知，中方檢疫人員將不對入境的南韓人民「直接」實施肛拭子檢測採樣，改採以由本人親自採樣的折中方案。
韓聯社報導，中方對外國人實施肛拭子檢測引起了旅華韓人不滿，南韓外交部發言人崔泳杉2日表示，中方檢疫人員將不對入境南韓公民直接實施肛拭子檢測採樣，從今年年初開始，南韓民眾入境中國時採取自己動手採樣提交糞便標本。
自由亞洲電台報導，中國並不是第一個採用肛拭子檢測的國家，今年1月底，西班牙媒體報導，該檢測方式在西班牙北部的加利西亞使用，但主要適用於病情嚴重、無法採集鼻咽樣本的插管病人。
中方表示肛拭子檢測只對重點人群適用，包括外國入境的酒店隔離人士及來自中國個別高風險地區的人士。
哈佛大學公共衛生學院退休教授李敦表示，學界尚無有力數據支持肛拭子檢測的準確性高於鼻咽拭子，他認為中方的做法缺少科學性，如果要從肛門取樣的話，應該是說其他部位的樣本拿不到（才可以肛拭子檢測），或者人體病毒只有在那個部位才可以檢測出」，但現在沒有看到這樣的報告。
紐約城市大學政治學教授夏明認為，中國對外國入境人士實行肛拭子檢測，主要原因是試圖「甩鍋」，中國不斷地說已經沒有本土病例了，全是輸入病例，所以加強對外來人員更嚴厲的檢測。
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