新冠肺炎疫情持續升溫，包括香港、日本都傳出有船員確診案例。基於防疫考量，交通部航港局今宣布，即日起，船員自港口入境後欲搭機離境，除了可採取原本居家檢疫14天後離境的方式外，也可以選擇到疾管署公告的醫療院所進行核酸檢測，只要採檢結果是陰性，就可儘速搭機離境，原本入境後七日內需搭機離境，如今也縮短為3日。
航港局表示，現行可以申請入境的船員包括本國籍船員、台灣人投資經營的非本國籍船舶(俗稱權宜船)，以及來台交船者的外籍船員。從本月3日以來，已有14件申請案，其中10件檢測結果已出爐，皆為陰性，另有4件還在等待檢測結果中。
航港局表示，原本規定船員向移民署辦理臨時入境後，需要在防疫旅館檢疫，且入境時雖然進行核酸檢測，不過卻是在防疫旅館等待結果，檢測陰性就可以撤銷離境管制，不過一來一往約需7天時間。
航港局表示，即日起公布新措施，由業者提供入境名單，並安排集中檢疫所檢疫隔離，下船入境當天至指定院所完成檢測後，再到集中檢疫所等待檢疫結果，確認陰性就可以在入境後3天後搭機離境。
航港局強調，船員於等待採檢結果及搭機離境期間，務必遵守相關檢疫規則，離境時也須搭乘防疫車輛至機場搭機。隨著疫情的發展，後續也會持續滾動檢討相關防疫措施，以維護船員權益，並改善航商在疫情期間的營運負擔。
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