近幾月，單月死亡人數持續增加，但指揮中心避談疫情期間間接致死的「超額死亡」。台大公衛流病與預醫所教授陳秀熙說，台灣超額死亡率從五月的一成八上升到六月的四成三，而六月超額死亡人數中，僅六成三與新冠有關，其餘三成七是受疫情影響間接死亡，主要為癌友及慢性病患者未能持續回診，接受治療。
台北醫學大學教授嚴明芳指出，疫情爆發的前五年，消化道惡性腫瘤門診就醫人數逐年上升，但疫情爆發後，就診人數持續下滑，比預期減少一成。高雄醫學大學公衛學者今年發表一項相關研究，顯示與疫情前一年同期相較，疫情後期子宮頸癌、乳腺癌、結直腸癌等篩檢量平均下降一成五到四成，而口腔癌篩查量更是下降五成之多。
嚴明芳提醒，兩年半來許多民眾暫緩癌篩，加上醫療可近性降低，以致提高癌症病人死亡風險。以大腸癌篩檢為例，排程延誤半年到兩年，晚期癌症風險可增加二到四成，死亡率增加至三成，「延遲愈久，風險愈高。」
「台灣正面臨超額死亡的嚴重問題。」陳秀熙說，疫情延燒時間超過預期，耽誤年長癌症患者和慢性病友的照護，如果持續醫療緊縮、人力短缺、民眾就醫恐懼，超額死亡將居高不下。
指揮官王必勝說，各國疫情時間不同，尖峰或盛行率較高時，死亡相對數字較高，例如台灣最近一個月死亡人數當然較高，建議要看長期；至於醫療量能緊縮，前陣子確診人數較高，醫療利用率較高，指揮中心謹慎調控，現在疫情趨緩，希望醫療服務逐漸回到原來狀況。
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