國內要清零還是與病毒共存，台北市長柯文哲、新北市長侯友宜紛紛要中央說明白，柯文哲則批指揮中心，若像香港戰略上想共存，戰術上卻想清零，兩者一矛盾就會死很慘。專家認為，台灣不至於像香港一樣，但長者接種率仍未提升、抗病毒藥物尚未備足，若疫情大爆發，長照機構垮醫療體系一樣撐不住。
指揮官陳時中表示，大方向是往開放的路走，除非有特殊情況，需要特殊手段來加強，但整體不走向加強的路，重點是如何保存醫療量能。至於預測感染或損失數目，歡迎各界若有精準數字可提供指揮中心參考，雖本身有在做模型，但世界上的模型都混亂，不容易得到共同的共識。
感染科專家、林口長庚紀念醫院副院長邱政洵坦言，接下來疫情「肯定大爆發」，雖不樂見、但必須快速應變，現在加速開設專責病房、集中檢疫所或防疫旅館是對的，必須將輕症分流，不要讓輕症佔據醫療量能。
邱政洵認為，不論輕症者還是被匡列的接觸者，就算在集中檢疫所隔離，也要有配套措施，當確診數增加時，周邊匡列者很容易就會佔滿集中檢疫所或防疫旅館，恐走上香港、上海「爆滿」後塵，建議中央應考慮匡列者或輕症者居家一人一室隔離。
台灣感染症醫學會名譽理事長、台大兒童醫院院長黃立民表示，台灣和香港的應變作為有很大差別，因輕症不住院，目前醫療系統撐得住，「不至於跟香港一樣」，台灣現在不是完全與病毒共存或清零，就是在中間，因為疫情還有變化，腳步走得慢一點，但要往與病毒共存的方向，「怕放太快，疫情會失控」。
隨著邊境鬆綁，邱政洵表示，我國勢必要與病毒共存，但不容易，尤其現在雖重症率低，但若疫情大爆發，首當其衝絕對是長者、長照機構，屆時只要一間長照機構群聚，所有的長照機構都會被感染，「一旦傳開速度非常快，就像香港一樣，長照機構垮下醫院一樣承受不起」。
藥物方面，我國目前庫存1萬多份瑞德西韋、4000多劑單株抗體，口服抗病毒藥物則採購2.5萬人份、目前僅到貨7000多份，邱政洵直言「這樣的數量極度不足」，呼籲中央應計算75歲以上長者尚未完整接種疫苗，去計算應購買多少份藥物，「不一定會重症但仍要準備」。
除了擔心長者染疫，尚未接種疫苗的孩童也不能輕忽。邱政洵說，雖然小孩染疫重症率低，但小孩確診常出現發燒等急性症狀，對醫療院所一樣是負擔。他認為，目前確診數不要等比級數增加、維持每日百例是理想，但相當不容易，中央必須要加緊腳步。
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