國內相繼發生北市、桃園防疫旅館疑群聚感染事件，兩事件的指標案例，案一六八五一以及一六八五九，都是在自主健康管理期間確診，Ｃｔ值都低於廿，暴露在社區的期間，都可能讓疫情擴散。專家建議，因應目前的疫情，自主健康管理的規則應提升為「加強版」較為安全。
桃園市某家防疫旅館因案一六八五一於自主健康管理期滿前快篩陽性，後就醫採檢確診，Ｃｔ值十九點二；後續擴大採檢才發現同旅館、同樓層有其他三名個案病毒定序相同；台北防疫旅館則是案一六八五九在於自主健康管理期間出現症狀，就醫採檢確診，Ｃｔ值僅十二；後續發現確診個案（案一六八七○）為同樓層住戶，疑為旅館群聚。
桃園市長鄭文燦表示，案一六八五一在十一月二十日入住防疫旅館時沒有症狀，但十二月十三日確診，疫調人員進一步追查，最後發現六樓有六名確診者，在統計學上不尋常，追蹤後發現包括案一六七六八自越南入境，基因定序跟其他三個案相同。
案一六八五一及案一六八七○都曾有社區足跡，讓疫情埋下未爆彈。在春節專案啟動前，檢疫措施需滿十四天，但後續的七天自主健康管理，僅需期滿用家用快篩採檢一次，與目前春節專案的採檢頻率相比，大幅降低。
台大兒童醫院院長黃立民表示，目前疫情蠢動，春節專案更讓防疫破口的風險大增，他認為，自主健康管理期間雖然禁止聚會等，但還是有人與人接觸的風險，呼籲指揮中心將自主健康管理的強度，從「一般版」提升為「加強版」，限制搭乘大眾運輸工具、避免至人潮擁擠場所，且最後一次採檢不該用快篩，應該為ＰＣＲ採檢。
中國附醫副院長黃高彬表示，通常來說，自主健康管理期間的病毒量、傳播力已大減，會像這次驗出Ｃｔ值低的情況，主要還是因為在旅館感染，導致潛伏期往後拉，最重要的是，最前端防疫旅館的感管措施，不需要改變自主健康管理的防疫作為。
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