最早在印度發現的新冠病毒變異株Delta，已經成為全球主流株，所有傳統的流行病學方法、疫苗施打策略與效益評估，都受到翻天覆地的改變。
台大公衛分析最新國際現況指出，Delta病毒已經有三大突破，包括開始威脅年輕族群、突破自然免疫導致不可能達成族群免疫、突破兩劑疫苗接種。世界各國也已配合改變作法，包括青少年全面接種、接種加強劑（第三劑）、強化基因檢測與人工智慧預測變異；疫苗數量不足的國家，恐將缺上加缺。疫苗覆蓋率高雖不見得能減少確診，值得慶幸的是，仍有助平抑死亡率。
公衛學者范僑芸表示，Delta病毒傳播力高且侵襲年輕族群，提高年輕人重症使用呼吸器及死亡率，也容易傳給家人，持續傳播也將刺激病毒持續變異。有鑑於此，加拿大、美國、德國、以色列，都已在5、6月陸續開放12歲以上接種。因有研究指出，年輕人接種一劑BNT可降低八成感染風險，最近英國也改變作法。英國政府開放16、17歲開放全面接種一劑BNT，12至15歲罹患神經病變、唐氏症、學習障礙等青少年，也要接種疫苗。上述政策改變都將直接壓縮到其他國家的疫苗資源。
公衛學者范僑芯表示，美國疫情仍在大流行，九成確診者都沒有打過疫苗，另也發現即便完整接種疫苗、曾經感染過，都還是無法免於Delta病毒感染的風險。因有許多自然感染的民眾誤以為自己不需接種，美國政府大聲疾呼並提出實證，相較於部分接種或未曾接種，完整接種兩劑疫苗，可將再次感染的風險減少1.5到2.3倍。
台北醫學大學教授陳立昇表示，疫苗開發上趕不上病毒變異速度，自然免疫已經不太可能，各國考量延長第二劑時間，將現有疫苗最大化利用，也考慮加強接種第三劑。公衛學者任小萱表示，研究發現打完不論打兩劑後28天或打三劑後28天，抗體濃度都可以維持，有些甚至更高；第三劑施打後，面對最具威脅的四大變異株（包括Delta），抗體濃度都比高於僅打兩劑。
任小萱表示，德國、法國、英國、俄羅斯、以色列和柬埔寨等國也已經確定即將開始施打第三劑的疫苗，勢必將加重國際疫苗分配不均。WHO在8月4日呼籲「九月底前應暫緩疫苗加強劑(第三劑)施打」，建議先提供給疫苗不足的貧窮國家，讓當地醫護、長者、脆弱族群至少能打一劑，但各國並不買單。以色列已經針對60歲以上年長者施打第三劑BNT；美國則是捐贈與接種第三劑並行，在施打第三劑，同時捐贈疫苗給其他國家。
陳立昇表示，疫苗與藥物的研發，必須面對與變異株競賽。公衛學者林庭瑀表示，科學家正試圖透過機器學習預測病毒變異（Deep Mutation Scan, DMS）預測下次可能變異出哪一種會免疫逃脫的病毒，不同區域流行後可能產生的變異點在哪裡。陳立昇表示，這將是未來相關疫苗和藥物的開發，人類與變異病毒競爭的重要AI應用。
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