新冠肺炎本土疫情從國籍航空機組員開始延燒，社會輿論常將此歸咎於指揮中心四月中將機組員隔離檢疫時間縮短為「3+11」。中央流行疫情指揮中心專家小組成員、台灣疫苗推動協會榮譽理事長李秉穎過去被問到此事曾表示，他沒有參與過討論此政策之會議，昨他在政論節目進一步指出「3+11是指揮中心自己的會議」、「專家會議從沒討論過」，引起軒然大波。
李秉穎今上午在廣播節目中談到此事，他澄清說，他的意思是「沒有規定哪些一定要專家小組討論，指揮中心自己就可以決定的事情，不用放在專家小組。」有關外界批評專家小組召集人張上淳說「有些簽署放棄急救的死亡案例其實救得回來」，李秉穎也為張上淳抱不平說，只是基於專業很平緩的描述，卻被外界激化，相當無奈。
李秉穎表示，專家小組沒有討論過是事實，但媒體要衍生成他說指揮中心刻意排除專家小組去做這個決定，並非他的本意，因為「很多事情是指揮中心自己可以決定，本來就沒有必要樣樣都在專家委員會討論。」
李秉穎舉例說，比如部桃院內感染後，策略面才會到專家委員會討論，執行面的問題像是封幾個病房、哪些醫護人員要檢驗、接觸者怎麼匡列，這都是指揮系統執行面的問題，沒有一定要經過專家會議才能定案。
日前專家小組召集人張上淳在報告死亡案例數據時，提到有些簽署放棄急救的死亡案例其實救得回，引發醫界不滿、媒體批評。李秉穎也為張上淳抱不平，他認為張上淳只是基於專業進行平緩的描述，卻被外界所激化。
李秉穎表示，在日韓都還是每天新增上百、上千名個案的情況下，台灣已經壓在百例以下，防疫明明做得不錯，但外界的負面批評仍多於建設性的建議，包括政府和專家的可信度、所有檯面上的人物，幾乎都備受外界批評，這讓他覺得很無奈。
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