國內相隔253天再現本土病例，由於接觸者相當多，引發社區感染的恐慌，不少人批評疫情指揮中心「隱匿足跡」、「隱匿疫情」，前台大感染科醫師孔祥琪則認為，相關的作業都是按照已運作多個月的步驟來做，沒有隱匿的問題，就算台灣最後真的發生社區群聚感染，也只能說「該來的總是會來」，但至少指揮中心已經幫台灣爭取到比其他國家更長的時間來面對疫情。
針對紐籍機師與廣明女的足跡，外界認為指揮中心沒有公布完整，衛福部長陳時中對媒體詢問跡並表示「不用再問了」，有隱匿之嫌，孔祥琪在臉書表示，指揮中心公布足跡的原則，早在今年4月就已公布確定，從那個時候至今都是一樣的處理，該兩個病例也都是如此，沒有隱匿足跡的問題，而在台灣想要隱匿疫情更是不可能。
更何況指揮中心應該是最希望足跡能夠被大家知道的，才能夠避免有防疫破口，他不懂為何有人說指揮中心隱匿。
他表示，流程是防疫第一線的衛生局基層人員去疫調，再由防疫醫師判斷是否匡列完全，如果比較困難的疫調防疫醫師還會去第一線幫忙，最後一起討論決定哪些資訊有公開必要，從4月開始就是這樣做的，並不分藍綠。
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