中央流行疫情指揮中心每天公布新增的死亡個案當中，每天都會有零星幾位死亡日和公布日間隔差了30天，甚至40天以上。疾管署「傳染病統計資料查詢系統」為嚴重特殊傳染性肺炎(新冠肺炎)新增了「死亡統計」，點開卻只能查發病日分布，沒有死亡日分布。經審查認定死因無關新冠而被排除不計的個案數，也僅於6月初公布一次，之後便不再提起。
死後逾月才公布、死亡曲線不能查、排除死亡不公布，這三大疑點，是目前新冠肺炎死亡數據最令人困惑之處。台灣一向自豪於科技防疫成功，為何疫情死亡數據就是有這麼多資訊落差？指揮中心發言人莊人祥今一一回答。
莊人祥表示，每天公布的死亡個案當中，部分病例間隔較久時間才公布，有3大主要原因，首先是因死亡診斷書較晚上傳到統計處系統。再者是部分個案因為行政或司法相驗，公衛端較晚才掌握到。第三個原因是有些個案需先搜集病歷、病歷摘要等資料，才能進行後續審查作業。
指揮中心每天公布的死亡個案，死亡日期各有不同，看不出每天死亡人數的變化，現在得靠民間自行將官方資料重新整理，才能看到每日實際死亡人數的分佈曲線，像是臉書粉專「粗暴製圖」就有自行繪製。
記者發現疾管署「傳染病統計資料查詢系統」為嚴重特殊傳染性肺炎(新冠肺炎)新增了「死亡統計」，但在進階查詢的「日期種類」選項點選「死亡日」，卻跑不出任何資料，全部顯示為0人。經向疾管署反應，目前網頁已移除「死亡日」選項，日期種類只能選「發病日」。
對此，莊人祥表示，死亡日查詢是最近新增的功能，但一廠商還沒整理好資料，另一廠商就先做了網頁，發現問題後暫時先拿掉，準備好了會再放上去，不是故意要隱藏。至於整理死亡資料為什麼這麼花時間？莊人祥說，資料倉儲廠商目前有不少案子在進行。
今年新冠死亡不再採「全死因統計」，改為僅計算經審查認定死因與新冠有關的人數，面對質疑聲浪不斷，6月8日疾管署首度說明審查條件，以及各類遭排除之個案數。之後外界再問起此事，指揮中心僅說，每天公布太令人混淆，但「若大家有興趣，可能可以隔段時間就提供詳細統計分析報告，手上都有資料。」
所謂隔段時間提供詳細報告，是多久會公布一次？莊人祥說，目前未定。6月初之所以公布，是為了向外界說明審查過程和審查原則，都經過專家討論，是希望「更反映出新冠肺炎對於健康的影響、更貼近事實。」此外，根據台大公衛比較香港、南韓、紐西蘭、日本等國之超額死亡比例，台灣僅4%是最低，與上述國家相比，沒有明顯的問題。
傳染病統計資料查詢系統：
https://nidss.cdc.gov.tw/nndss/deadmap?id=19CoV
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