對於感染者21條回覆，發起人與醫師仍有相關疑義部分。衛生福利部疾管署表示，感染者穩定用藥且病毒量測不到6個月以上狀態，雖無透過性行為傳染愛滋病毒予其伴侶之案例發生，但在統計上，無法排除其風險為0，故使用「幾乎」的字眼，表達微乎其微，但非絕對不可能發生；而在文宣單張出處方面，則建議當個案有相關疑義時，可向主治醫師或其愛滋個案管理師就健康狀況進行專業諮詢。
疾管署表示，有關公共網路政策參與平台之提案，於附議階段通過後，依規定須於「2個月內」完成回應（即9月6日前回應），衛福部於收到提案成案後即依程序評估、研議，並於時限內回應目前辦理與參採情形，所以並無任何考量，其他提案亦有「提早」回應之情形。
而在「愛滋病毒量測不到幾乎不會透過性行為傳染愛滋病毒」上，疾管署副署長羅一鈞表示，據目前國際數個研究報告顯示，感染者穩定使用抗愛滋病毒藥物且維持病毒量測不到狀態至少6個月以上，並無透過性行為傳染愛滋病毒予其伴侶之案例發生，但傳播風險之95％信賴區間估計上界(upper bounds)雖然極小但仍大於0，在統計上無法排除其風險為0，故使用「幾乎」的字眼，表達微乎其微，但非絕對不可能發生。而這部分也在日前召開的愛滋病防治及感染者權益保障會（權障會）上，經專家討論後取得最大共識。
而在U=U單張文宣未有文獻或出處部分，疾管署回應，該文宣目的主要係向愛滋感染者強調穩定服藥的重要性，使病毒量維持在測不到狀態之好處，以利防治；另使一般民眾瞭解「愛滋病毒量測不到幾乎不會透過性行為傳染愛滋病毒」的概念，並推廣愛滋去歧視。
疾管署表示，參考文獻屬醫學專業，標明文獻出處或引用來源，實務上對感染者及民眾幫助有限，甚可能因不諳醫學專業而導致誤解，而各方研究及病毒量測不到的定義亦會與時俱進。建議當個案有相關疑義時，可向主治醫師或其愛滋個案管理師就健康狀況進行專業諮詢。
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