2016年3月，日本出現罕見女高中生集體控告日本政府與兩家製造HPV疫苗（人類乳突病毒疫苗、俗稱「子宮頸癌」疫苗）藥廠。12名17至21歲女學生代表「受害者聯絡會」召開記者會指控，接種疫苗後出現包括全身劇痛住院、視力退化、甚至肌肉無力、甚至意識模糊等症狀。
這些不良反應與子宮頸癌疫苗接種，並沒有直接因果關係，大多是對注射過程發生極度焦慮所導致的身心症狀。
日本醫學界對於HPV疫苗相關的爭議，將相關的不良反應症候群訂為HANS(HPV vaccination associated with neuroimmunopathic syndrome)，目前認為這些症狀可能源自神經疾病、中毒、免疫反應或是個人的身心症狀，而與疫苗的品質較無直接因果關係。
疫苗接種計畫出現爭議後，除了日本醫界的專家們，其他國家的醫療專家也紛紛做出許多積極調查。
隸屬於美國疾病管制局(CDC)下的疫苗接種諮商委員會(Advisory Committee on Immunization Practice, ACIP)也於疾管局的網站上表示，「建議年輕女性應在11歲到12歲之間接種第一劑疫苗，最早甚至可以從9歲就開始，讓疫苗發揮最大效力。疫苗相關的疑似不良反應，發生比率相當低。最常見的不良反應與昏厥有關，目前的研究都認為與疫苗的內容物並無直接關係，可能是心理上的壓力相關。由於昏厥可能導致嚴重受傷，因此建議每次注射完畢後，應該留觀30分鐘再行離開。」3
2014年，WHO也持續關注日本境內與全球各地的疑似疫苗注射後不良反應事件，分析了將近1億7500萬次的注射紀錄，分析了來自丹麥、英國、美國等地的資料，認為子宮頸疫苗的安全性依然值得信賴。4
2017年，WHO 統整了一項橫跨26項臨床試驗，共計73697位女性的研究指出，與未注射疫苗的人相比，注射HPV疫苗，並未造成疑似不良反應的案例數量增加。奧克蘭大學公衛學院的助理教授 Nikki Turner 也指出：「此大規模研究證明人類乳突病毒疫苗相當安全，在日本的事件之後，這項研究提供了相當堅實的資料，證明疫苗使用於年輕女性上的安全性。」1
位於英國馬斯葛洛夫公園醫院，專職婦癌醫療顧問的Jo Morrison醫師也認為：「這項回顧性的研究，應該已經提供人們足以確信HPV疫苗有其效力的證據。」2疫苗除了具備足夠的安全性，在預防HPV感染並降低生殖疣發生的比例上，也有相當好的成績可以證明，HPV疫苗的確是必要且具有意義的公共衛生政策。
1. Review finds HPV vaccine safe, effective - expert reaction. 2018.05.09.
2. Major review backs cervical cancer shots, especially for teens. 2018.05.09. https://www.reuters.com/article/us-health-vaccines-cervicalcancer/major-review-backs-cervical-cancer-shots-especially-for-teens-idUSKBN1I93G4
3. Human papillomavirus (HPV).
http://www.immunize.org/askexperts/experts_hpv.asp
4. Safety update of HPV vaccines.
http://www.who.int/vaccine_safety/committee/topics/hpv/June_2017/en/
