人類乳突病毒（HPV）不僅可能造成子宮頸癌前病變，與頭頸癌也很有關係，也就是HPV陽性的口咽扁平細胞癌，引發醫界關注。頭頸癌中的口咽癌，因是否有HPV的感染而有顯著差異，近年來HPV已被公認為頭頸癌的第四種確定的致癌因子，前三種分別為菸、酒及檳榔。
流行病學上，在歐美國家，有HPV感染（HPV+）的口咽癌，已超過整體口咽癌的七成以上。綜觀近20年，歐美國家無HPV感染（HPV-）的頭頸癌比率顯著下降，但有HPV感染口咽癌發生率一路攀高。
美國在2010年，整體罹患有感染HPV口咽癌的男性病人數，也已超越罹患子宮頸癌的女性病人數。在台灣，有感染HPV的口咽癌的發生率變化趨勢，也和歐美國家雷同，但仍然有超過半數的口咽癌屬於無HPV感染的口咽癌；即便是有感染HPV口咽癌，也會有大約一半的病人曾有菸酒檳榔的過去史。
在臨床上，有感染HPV的口咽癌相較於無HPV感染的口咽癌，其病患年紀通常較輕，原發部位較常出現在扁桃腺或舌根。病人通常以咽喉異物感、吞嚥疼痛、頸部腫塊等非特異的症狀為主。醫師可藉由喉反射鏡或內視鏡檢查，或進一步針對疑似病灶切片或頸部腫塊穿刺來確診口咽癌。
幸運的是，有感染HPV相較於無HPV感染的口咽癌，其腫瘤細胞對於放射線照射及化學藥物治療反應較佳，治療成績也顯著優異。
過往文獻指出，若患者過往吸菸量大於一年十包，就會顯著影響口咽癌對治療的反應，酗酒及嚼食檳榔等傳統頭頸癌致癌行為，亦會導致有感染HPV的口咽癌對放、化療的成效降低。
因此針對有感染HPV的口咽癌的治療，臨床醫師需參考病患本身的菸酒檳榔的過往史及癌症分期來做決定。一般而言，醫師較常建議有感染HPV的口咽癌患者先接受所謂的器官保留策略來治療，以提高治療後的生活品質。
近年最新的研究方向朝向調整放射線治療照射總劑量，或針對早期小腫瘤用內視鏡或機器人手術做有效的廓清，做更精準個人化的治療。若民眾者有疑似相關症狀，建議找耳鼻喉科專科醫師做詳細檢查，盡早診斷及治療。
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