雞蛋常被認為是非傷寒性沙門氏菌感染元凶，林口長庚團隊追蹤三年發現，傳統市場販售肉品的威脅高於雞蛋。醫師針對豬肉產業鏈採檢，發現肉品從屠宰場出場後，非傷寒性沙門氏菌含量增加。避免非傷寒性沙門氏菌造成感染，建議民眾選擇冷鏈保存豬肉，並注意烹煮避免交叉汙染。
非傷寒性沙門氏菌感染與吃下遭汙染食物有關，好發於夏季，目前全球病例都有增加趨勢。林口長庚兒童感染科教授級主治醫師邱政洵表示，過去曾發生病死豬流入市面，使非傷寒性沙門氏菌患者飆升，但去除豬霍亂沙門氏菌因素後，患者仍不斷增加，林口長庚每年收到個案平均達六百例。
為了解原因，邱政洵與其團隊調查感染個案，列出可能的食物感染源，追蹤個案生活區域、飲食習慣等，發現除了購買散裝蛋，大多數患者都有到傳統市場購買肉品的習慣，進一步分析風險，又發現有在傳統市場購買肉品習慣者，風險較高。
研究團隊以豬肉為主要標的，從活體、屠宰、運送、販售、食用等多點採集沙門氏菌，發現肉品一進入運送端，沙門氏菌含量就開始增加，同時發現運送車上掛鉤、籃子、車體內都驗得到沙門氏菌，若加上「高溫」助長，細菌量馬上倍增。相關研究已發表於美國感染醫學會「感染症論壇」期刊。
邱政洵說，許多民眾認為，食物只要煮熟就不用怕沙門氏菌，但烹煮過程中恐出現交叉汙染，例如主婦料理豬肉後，若沒有妥善清洗刀具、沾板、雙手，又去幫孩子泡牛奶，臨床就曾出現不到一歲嬰幼兒感染案例，嬰幼兒免疫力差，更增出現嚴重併發症的風險。
別以為非傷寒性沙門氏菌風險不大，邱政洵說，近年台灣非傷寒性沙門氏菌的用藥，抗藥性日益嚴重，後線的奎諾酮類抗生素抗藥性可達二到三成、第三代頭孢黴素抗藥性也已達到一成，恐成我國公衛新危機。衛福部疾管署副署長莊人祥表示，近年非傷寒性沙門氏菌抗藥性已有下降現象，將與食藥署合作共同管控。
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