腸道中高達百兆的細菌與人體健康習習相關，而健康糞便有可能是未來許多疾病的救命新星。台北榮總成立國內首座「高規格生物安全等級第二級專用微菌製備實驗室」，實驗室首先瞄準常規治療無效的困難梭菌感染者，將健康捐贈者的腸道微生物製成新鮮、冷凍或膠囊形式植入患者體內，改變其腸道菌相以恢復健康。
去年9月，衛福部公告特定醫療技術檢查檢驗醫療儀器施行或使用管理辦法，開放微菌叢植入治療用於反覆性或常規治療無效的困難梭狀桿菌感染者。台北榮總今年3月成立治療小組，制定健康捐贈者評估與篩檢流程，並建構台灣專為微菌製備用的實驗室與微菌庫，今日正式揭牌。
台北榮總已執行7例透過大腸鏡植入微菌叢的治療案例，其中一名年僅33歲的男子原來長達五個月的抗生素治療都無法改善症狀，今年7月，他術後腹瀉緩解，排便也恢復正常。
台北榮總內科部主任侯明志表示，人體腸道細菌量高達百兆，其攜帶的基因量是人體基因量的百倍，因此可表現多元的代謝功能，達到許多人體無法執行的作用，與人體免疫力、生理健康息息相關。一旦腸道菌相失衡就可能致病，困難梭狀桿菌就是一例。
侯明志表示，困難梭狀桿菌是一種厭氧性細菌，可生長在健康者的腸道中而不作怪，一般社區健康者約有2%帶有此菌，住院者約有20-30%帶菌。一旦人體免疫力特別弱，像是長期使用抗生素而影響腸道好菌銳減時，牠們會藉機坐大，引發腹痛腹瀉，致死率約為6-10%。
侯明志表示，約有20%-30%的困難梭狀桿菌感染者接受傳統的抗生素治療還是壓不下來，如果治療5-7天沒效，大概就是沒效了。健康捐贈者的糞菌能製備成新鮮、冷凍或膠囊的形式，再利用上下消化道內視鏡、鼻腸管、灌腸或口服膠囊等方式植入患者體內，改變其腸道菌相使之恢復健康，治療成效高。
這種治療方式費用不低，每次療程約需6萬元。侯明志表示，這是因為成本相當高，首先要篩選出健康糞菌的捐贈者，方法是藉由問卷初步篩檢，刪去有腸胃道症狀、慢性病史、旅遊史、最近輸血、針灸、打耳洞等人；接著要驗血、驗糞便，確認是否有感染愛滋、肝炎、寄生蟲或血脂異常等，「每名捐贈者的健檢成本大約要2萬元，而且經過這整套篩選程序，大約20個報名者只有1人的糞菌合用」。但這還不夠，糞菌製備完畢後，要追蹤觀察捐贈者一個月，確認他這個月沒有發生任何感染或不適，他的糞菌才真正能被臨床使用。
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