基改黃豆究竟對人體是否有害，至今仍無定論。植物病蟲害專家、農委會防檢局長黃㯖昌表示，站在專業立場，他完全不擔心已被核准的基改作物食用安全；歐盟食品安全局長日前訪台也談到，歐盟也面臨這樣的問題，認為國人應該理性看待基改議題。國內「基改」和「農藥」是兩大被汙名化議題，社會對「基改」已經無法理性討論，儼然成為宗教問題。
農委會表示，黃豆貨品號列已分列基改與非基改兩項，但沒再細分食用及飼料用。台灣每年約進口200至240萬噸黃豆，85%供食用（含榨油及豆類加工品），15%飼料用黃豆做成黃豆粉當飼料，進口黃豆大多是供食用。所有飼料用黃豆粉都來自食用黃豆，因此長期來只有食用級黃豆一類貨號，沒增列飼料級貨號。
黃㯖昌表示，美國上市的作物，都必須做好環境影響評估及食品安全評估才能上市，即使是耕種基改黃豆，也要有「隔離帶」避免汙染，國內進口黃豆超過九成，大部分供食用，大豆渣才當飼料。國人吃的豆腐、豆漿、豆干等各式豆類製品，大多數來自這些進口黃豆，究竟對人體是否有影響，目前論述多、沒有絕對。
黃㯖昌說，所謂的基改黃豆，是選擇產量較高的品種，把來自細菌、其他植物或其他非大豆的外源基因轉殖進去，例如把抗嘉磷塞(除草劑)的其他外來作物基因轉殖進去，這樣農民噴藥除草時，雜草會死掉，但不會傷到黃豆；另外也可能蘇力菌的毒蛋白基因轉殖進去，目的是預防娥蝶類危害，帶有毒蛋白的葉片娥蝶吃了會死掉，人吃了則沒影響。
反對基改的人，主張不應該在生物上轉殖基因，甚至有人擔心基改作物會致癌。黃㯖昌說，基改黃豆對人體是否有危害，有不同的論述與說法。至於要如何分辨基改豆與非基改豆，只要靠分子生物檢驗才能知道，肉眼無法辨別，也沒有快篩方式。
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