為因應五月中爆發的社區疫情，醫院配合衛福部要求降載，許多加護病房與病房都改做專責病房，一般住院病人不能收，不緊急的手術和檢查也都暫停，醫院營運大受影響。為了進一步幫助醫院度過難關，健保署署長李伯璋表示，目前規劃將第三季預撥費用的比例提高至去年同期的九成，最快下周就可以開始撥款。
健保署六月就曾宣布分階段挹注健保現金費用，以全力支援醫院防疫，主要原則為今年第二季按照前年第二季核定費用的八成，以現金預撥，六月已撥付將近四百億元。李伯璋表示，衛福部、健保署與醫院協會討論後，決定再次提高比例，改比照去年第三季核定費用的九成。
李伯璋表示，目前研議方向是，針對三個層級的醫院，今年第三季（七至九月）比照去年第三季給付金額的九成，但今年申報超過去年同期的醫院，不能多領。舉例來說，如果去年同期健保給付醫院100元，今年醫院申報80元，健保就補到90元，但如果醫院今年做120元，也只給付100元，這是希望幫助醫院，但也不鼓勵衝量。
李伯璋表示，醫院協會已經與部長溝通過，也已發文給健保署，目前還在公文程序中。本周三（八月二十五日）健保署與醫院協會將再開一次研商會議，確認各層級醫院都可以接受，就會將方案上簽給部長陳時中，部長同意並簽核，才算通過。
李伯璋表示，以上規則會讓部分醫院少領，但經過醫院協會調查，難得三個層級的醫院都有共識願意這麼做。如果完成公文簽核流程，順利通過，最快下周就能預撥第三季款項給醫院。詳細受款院所家數、補款金額，健保署還在計算中。
台灣社區醫院協會理事長朱益宏表示，健保署願意補助到去年同期的九成，對醫療院所是很大的幫忙，「至少薪水發得出去。」如果照今年疫情期間的營運情況，較受衝擊的醫院營收可能掉到原本的一成到五成，要是沒這筆補助，醫院很可能會連薪水都發不出去。
朱益宏建議，衛福部對於醫院還有一筆特別預算的防疫獎勵金，金額大約數百億，在紓困千億預算中佔比不高。朱益宏認為，醫療院所的紓困金或許可酌予增加，例如針對台大醫院等防疫有功的醫院，不只給醫護個人，也多給院方多一些獎勵金。畢竟醫院為了配合防疫，都需付出許多額外的行政成本，醫院有多餘的獎勵金，也可以酌予再分配給員工。
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