我國每年投資國人常規疫苗經費約卅億元，因菸捐收入減少，加上擴大疫苗項目與接種對象、改用新型疫苗等，導致支出增加，如今肺炎鏈球菌疫苗擴及六十五歲族群政策遲未實現，小兒腸病毒疫苗又即將上市，疫苗經費缺口愈來愈大，「疫苗專家們如坐針氈」，建議新疫苗費用採用部分負擔並加強宣導，或許是解方。
近年來，政府投注於疫苗的經費大幅上升，學齡前兒童常規疫苗，從九十六年每人二千元，一○六年成長到一萬二千元，每年疫苗接種總經費也從五億元，成長到卅億元，新納入疫苗包括幼兒五合一、細胞日本腦炎疫苗、國中女生的HPV疫苗等，但仍有許多疫苗無法納入常規接種名單。
衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）肺炎鏈球菌工作小組召集人、林口長庚副院長邱政洵無奈指出，研究證實接種肺炎鏈球菌疫苗具經濟效益，不僅減少感染，也減少病患住院、醫療支出等，但該疫苗接種對象擴及六十五歲族群的政策，延宕多年，主要原因就是經費短絀。
民國九十五年推動肺炎鏈球菌疫苗時，兒科資深權威林奏延與李慶雲，認為是兒童預防醫學新世紀，聯袂拍了卅秒宣導影片，呼籲民眾接種，帶動風潮，成為成功的疫苗宣導。但我國的疫苗宣導管理嚴格，影片很快就被下架。
台灣感染症醫學會理事長、台大兒童醫院院長黃立民指出，疫苗接種屬於預防層面，只要在國內取得許可證的疫苗，就應該可以擴大宣導，提升民眾認知。
他以韓國為例，韓國捷運上就可見疫苗廣告，宣導內容包括認識疾病、作用與副作用、並強調需諮詢醫師意見。
衛福部預防接種受害救濟審議小組（VICP）委員暨台大兒童感染科主治醫師呂俊毅表示，新疫苗愈來愈多，民眾需要更多的疫苗資訊，才能促進接種意願，以美國為例，由政府提供疫苗接種建議名單，不分公費與自費。他建議，國內可由具有公信力的學術機構提出疫苗接種建議名單，提供民眾參考。
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