C型肝炎病毒主要經由血液或體液傳染。傳染途徑如共用針具器械打針、拔牙、輸血、刺青與性接觸等，至今仍無疫苗可預防。
C肝過去標準治療方式是每周注射長效型干擾素一次，加上口服抗病毒藥雷巴威林24至48周。但治療常伴隨副作用，如類似感冒症狀、白血球及血小板下降、溶血性貧血等。肝臟代償能力不佳患者，無法接受此類藥物治療。因此10多年來，只有約7萬5千人接受治療，僅6萬人達到療效。
近年來已有抗C肝病毒的全口服藥物，療效可達95%以上，副作用少、且治療時間約8至24周，但有以下注意事項：
1.C肝有6種基因型，有些藥物僅能用於特定基因型，如「坦克干／速威干」建議用於第1b型患者；「維建樂／易其瑞」建議用於第1a或1b型患者；「賀肝樂」可用於第1型或第4型。
2.若患者感染C肝病毒，有抗藥性突變株，不能使用部分藥物，或必須加上雷巴威林並增加使用時間。
3.若患者肝臟代償不全或腎功能失調，有些藥物必須慎用或禁用。
4.治療過程中，併用其他藥物必須小心交互作用，如心血管藥物等。
5.有些藥物治療中，出現血清ALT值或膽色素升高，必須小心監控。
健保已開放全口服藥物治療中度肝臟纖維化以上的第1型慢性C型肝炎患者。治療時機與選用藥物，患者應與醫師深入討論，並評估病毒基因型、抗藥性、肝腎功能、共用藥物等。治療中必須密切監控療效及副作用，停藥後也必須評估治療反應。此外，即使病毒已清除，仍有部分患者會發生肝硬化或是肝癌，建議持續追蹤。
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