面對感染病患的臨床需求，以及抗生素抗藥性管控的拉鋸，健保署透過鼓勵與管制措施雙管齊下，以維持國內抗生素藥物多樣性。此外，為鼓勵抗生素新藥研發，改採參考國際藥價進行核價，不再以療程劑量比例法。
健保署長李伯璋表示，過去新抗生素會參考舊抗生素價格核價，但抗生素屬於老藥，過專利期後，價格偏低，若新藥核價再依此為基準，將無法反映新藥價值，也不利研發，故現改參考國際藥價進行核價。
「我們希望讓國內研發的藥品更具競爭力，能在國內、外取得好價錢」。李伯璋補充，經過初步計算後，若該藥在國內進行一定規模的臨床實驗，並進行藥物經濟學研究，最高可加算百分之十的健保核價；如果比核價參考品的療效更好、安全性高、更方便、研發兒童製劑，最高可加算百分之十五的健保核價。
另一方面，如何留住既有抗生素也是考驗。第一個被發現的抗生素盤尼西林，因廣泛使用而產生抗藥性，加上不堪健保價格連年調降，成本不敷進口，早已悄悄地退出台灣，凸顯出國內鼓勵抗生素多樣性的層層困境。
健保署醫審及藥材組科長連恆榮指出，對於具不可替代性，但因匯率或成本變動而不敷成本，影響民眾權益的抗生素，衛福部有對應的藥價調升機制，廠商可依支付標準第三十五條，提出調高健保支付價格建議，並進入健保藥物給付項目及支付標準擬訂會議討論。
健保調整已給付藥品的價格時，除了參考市場交易價格，亦會考量藥品合理成本，保留一定比例不予調整，並給予下限價格和整體調幅的保障，確保民眾用藥品質及合理定價。
在管制部分，根據品質監測結果趨勢，二○一七到二○二一年的門診抗生素使用率，從百分之十點○三下降至百分之九點五二，其中常用抗生素喹諾酮及氨基糖苷類抗生素於基層診所的使用率，也由百分之○點八二下降至百分之○點五八，顯示整體門診抗生素使用獲得良好控制。
在手術過程中不容易遭到感染的單純疝氣、甲狀腺手術、乳房切除手術等，原則上免用抗生素，但是近兩年此類清淨手術術後使用抗生素，超過三天的比率上升不少，李伯璋認為，因疫情導致非急迫性清淨手術案件減少，急迫性清淨手術案例比例就顯得上升。
目前給付規定需使用第一線抗生素七十二小時，臨床感染醫師們呼籲，抗生素降階使用可減緩抗藥性，當病患發生感染會先投予廣效抗生素，檢測出對應細菌時，再改用窄效抗生素，並將多重用藥改為單一藥物。李伯璋認為，合理使用是控管抗藥性的關鍵，相關醫學會應整理共識，儘快提出治療指引，以利後續討論。
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