疫情二級警戒延長至九月廿日，為讓醫院無後顧之憂，可以全力抗疫，健保署今年第二季先比照前年同期的八成預撥，6月已撥付225家醫院453億元，第三季預撥比例更提高到去年同期的九成，9月9日已撥付184家醫院367億元。健保署醫管組專委林右鈞表示，這是各級醫院協商出來的方式，基於「同島一命」的精神，可以幫助到比較艱困的醫院。
健保署署長李伯璋表示，今年5月宣布分三階段挹注健保現金費用，5到6月按照108年同期醫院總額費用的8成一次給付，6月已撥付225家醫院達453億元。7到8月預撥費用比率更提高至109年同期9成，並於9月9日已預撥184家醫院醫療費用367億元入醫院帳戶。即日起，也開始啟動9月費用提前撥付，皆讓醫院較往常更快取得暫付的醫療費用。
林右鈞表示，本次採彈性財務分配之預撥醫療費用機制，是以醫院協會提出的總額分配方式為基礎，保障醫院110年第三季收入達109年同期一般服務收入之9成，並以109年同期為上限，餘款再由各分區共管會議依據當地醫療狀況予以分配，這個結算方式由醫院各層級凝聚共識所提出的醫院互助及共體時艱模式。
李伯璋舉例說，如果去年同期健保給付醫院100元，今年醫院申報80元，健保結算時會保障補到90元；但如果醫院今年做120元，也只給付100元。林右鈞表示，今年醫院服務量大都低於去年，依此模式對於絕大多數的醫院都有幫補的作用，今年如果還有總額成長多餘的部分，各分區會再按一定規則分配下去，
至於診所，林右鈞表示，目前沒有按照去年比例結算的機制，還是依照今年申報的去暫付、核付、結算。健保署會協助衛福部各司署儘速撥付防疫獎勵金、新冠疫苗接種處置費用、獎勵費等，讓醫療院所除健保費用收入外，儘速取得防疫相關費用。110年5月至9月16日止，健保署協助撥付費用達39.89億元，包含協助疾病管制署撥付新冠疫苗接種處置費用及獎勵費用約14億元，維持醫療院所營運現金流。
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