國內五至十一歲兒童疫苗於五月初開打，指揮中心規定第二劑疫苗需間隔十二周，但多位專家建議，疫情處於高原期，第二劑間隔應改為四周以提升保護力，避免兒童染疫引發重症及腦炎。指揮中心表示，兩劑間隔有機會從十二周縮短為八周，但將交由專家會議決定，最晚於六月底會有結果。
林口長庚醫院副院長邱政洵說，兒童疫苗第二劑間隔時間，就美國疾病管制及預防中心建議為三至八周，澳洲為八周。中國醫藥大學附設醫院感染管制中心副院長黃高彬認為，指揮中心建議間隔八周，還是太久，應改為間隔四周，BNT兒童疫苗甚至間隔三周就可施打。
邱政洵說，兒童接種疫苗最讓人擔心安全性，但許多醫學期刊發表，兒童接種疫苗後心肌炎與心包膜炎風險並未增加。另外，美國正準備為五至十一歲一般兒童施打第三劑疫苗，台灣是否跟進？邱政洵和黃高彬皆認為，看疫情發展決定，若疫情緩和，未必需要。
至於六個月到五歲幼童疫苗接種，邱政洵指出，美國已審查相關疫苗，台灣也須超前部署。黃高彬則說，現在討論六個月至五歲兒童接種疫苗，還是太慢了，反問「中央開始買疫苗了嗎？」建議及早去買，因為即使廠商有現貨，還是需要訂契約、運送來台。
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