新冠肺炎疫苗施打意願登記與預約系統前天上線，累積至昨天傍晚五時，已有一六三萬人登記，反應熱烈，但也被譏為「全國線上問卷調查」，並不具預約施打功用。指揮官陳時中說，「會增加大家的麻煩，但也沒有辦法。」先登記意願，日後施打才會比較精確。
蔡英文總統六月一日於臉書宣布，唐鳳正著手規畫疫苗施打預約系統，但各縣市政府之前都不知道系統何時上線，紛紛自力救濟，自創登記平台。
台南市政府與民間公司合作，研發疫苗預約系統ＬＩＮＥ「台南打疫苗」，市民可直接透過ＬＩＮＥ，輸入生日及身分證字號登記，或透過電話預約，前天下午已啟用。雲林縣斗六市公所也自行研發線上疫苗注射預約系統，今天上午八時開放民眾上網預約。兩地首長都強調系統雖與中央不同、但不衝突。
台北市長柯文哲昨透露，周日曾與唐鳳視訊，他問唐鳳，為何系統不疫苗開打就上線？唐鳳回說「跟很多縣市都已討論過，六十五歲開打再上線」，柯當場反問唐鳳，怎沒跟北市討論？結果唐鳳一臉尷尬，柯才回「好啦，不為難你，你是技術幕僚。」
許多完成登記的民眾質疑，上網登記後還必須收到簡訊，才能預約施打，究竟何時才打得到？陳時中表示，若無先行意願登記，就難以估算施打對象群、疫苗種類、疫苗接種站，後續施打就容易造成混亂。
該套系統開放對象為九至十類族群，包含罕病、重大傷病者、高風險慢性疾病、肥胖等，不少民眾抱怨，規律服用降高血壓藥物，卻無法登錄。陳時中解釋，這次造冊名單包括，一年內有重大疾病、慢性病就診紀錄及代號者，還會看是否有特殊情形。
陳時中說，「各大類族群我們都很尊重，但疫苗分配是很困難的事情，對於第七類人員有考慮空間，但沒打算把範圍擴大，希望按照年齡次序施打。」
前疾管局長、陽明交大公衛所兼任教授張鴻仁認為，指揮中心需改變「年齡迷思」，等六十歲以上長者打完後，應先擴大的是「第七類」中計程車、客貨運司機，市場攤商賣場或餐飲業者等與維持社會運作必須、工作有高接觸風險的民眾。
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