針對國境解封後指揮中心退場議題，立委賴香伶今天於立院質詢，指揮中心存續是否隨「紓困振興特別條例」期限至明年6月30日，衛福部長薛瑞元回應「是」，並表示許多銜接事務是在指揮中心的命令下執行。指揮中心指揮官王必勝說，指揮中心是行政院宣布成立，未來解散也是行政院決定。
王必勝也說，指揮中心的退場除解散外，降級開設也是其中一種可能性，但這還是要看疫情的「4大狀況」而定，包含確診數、中重症分佈、是否出現更有威脅性的變種病毒、病毒流感化程度等，這些狀況都不嚴重，就可降級或解散，時間底要看實際情況來決定。
國民黨立院黨團總召曾銘宗日前指出，國內防疫已鬆綁，指揮中心已經慢慢失去功能，根本不需要指揮官，強烈建議解散。專家學者也建議指揮中心可以解散，且疫情可適度降級。薛瑞元今上午受訪指出，10月13日是入境鬆綁，國內疫情還沒到頂點，「指揮中心還有事要做，解散沒那麼快」。
薛瑞元說，指揮中心未來降級也是二級、三級降下來，「不會一次解散」。至於新冠肺炎是否從第五類改成第四類，他說要看國際情勢，及國內疫情發展，再來做決定。針對專家學者建議能解散指揮中心，薛瑞元說，專家要負的責任小，我們的責任大，但還是會聽專家的意見，做未來調整的參考。
賴香伶問，指揮中心要不要降低記者會次數、要不要存在，薛瑞元表示，新冠肺炎是否要從五類傳染病改為四類傳染病、疫情指揮中心是否要降級，一級降為二級，這是兩個獨立的事情；會妥善規畫，指揮官由行政院長指派，是否要降至哪一級還是由院長決定。特別條例期限延長至明年6月30日，是否指揮中心要存在到明年6月30日，薛瑞元說「是」。
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