去年12月31日起，強化自主健康管理者防疫規範，指揮中心透過電子圍籬防止自主健康管理者接近大型活動區域，啟動「電子圍籬2.0」，引起侵犯人權爭議，指揮官陳時中表示，個資最多存放28天，以供疫情調查與防治，之後必須刪除或銷毀。
陳時中進一步說明，電子圍籬2.0的運作方式，是以大型活動區域範圍的行動電話基地台為設定參考，當自主健康管理者手機與基地台進行註冊溝通時，即判定接近大型活動區域，並透過系統對自主健康管理者發送告警簡訊，並知會警政人員。
針對防疫資料蒐集，指揮中心於去年5月28日公布「實聯制措施指引」，實聯制精神主要是有疫調需求時，可立即聯繫曾出入同一場所人士；為確保個資保護，各場域所蒐集的民眾個人資料，以資料最少原則辦理。
陳時中強調，若自主健康管理者手機不與該特定範圍基地台註冊溝通時，並不會對其進行定位。我國運用科技措施防範疫情，在傳染病防治法、個人資料保護法等法規授權下超前部署，以維護國民健康。
在採取科技防疫措施時，難免會涉及隱私等個人權利議題，為確保民眾個資獲得充分保護，及減少對個人自由干涉，指揮中心在符合比例原則下，遵循最小侵害原則、合目的性原則、衡平原則等三大法則下，期望能在個人隱私與防疫工作雙重利益取得最佳平衡。
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