外電報導，武漢大學和大陸中科院武漢病毒研究所針對武漢肺炎疫情持續開展相關研究，發現在患者大便和肛門拭子檢體中，有武漢肺炎病毒核酸；而美國在其首例武漢肺炎確診病患的糞便中，透過rRT-PCR檢測也為新型冠狀病毒陽性，因此病毒是否除了飛沫傳染的途徑，也引起關注。專家表示，透過糞口傳染的機率小，勤洗手即可有效預防。
長庚大學新興病毒研究中心主任施信如表示，很多病毒都可能存在糞便中，過去SARS病毒也都發現存在於糞便中，但理論上呼吸道病毒出現在腸胃道的機會確實較低，因此若糞便中驗出病毒，代表人接觸到的機會增加，更容易被傳染。
中國醫藥大學附設醫院感染控制小組主任黃高彬則表示，目前是只有檢驗到核酸片段，但要再看是否能夠複製培養出來。若是能夠複製培養，表示病毒是活的，可能增加糞口傳染的途徑，若僅是片段而無法複製，表示病毒感染隨著血流跑到腸胃道，但傳染的機率則很小。
對於傳言說，若沖馬桶時站在旁邊，也可能透過呼吸被感染。黃高彬則表示「機率很低」，只要把糞便沖進馬桶，就沒有傳染的疑慮。
但病毒在空氣中飄浮可存活兩、三個小時，在乾的表面則可以存活四、五天，因此要避免噴濺到四周，坐式馬桶最好「將馬桶蓋蓋上再沖水」、蹲式馬桶則要注意水量不要太大；若是不小心噴濺到馬桶周圍，可使用酒精擦拭清潔。另外，如廁完原本就應養成良好衛生習慣，確實以肥皂洗手，搓揉手掌、手背、指縫、指尖、手腕等部位，再以清水將手沖乾淨、擦乾，即可有效預防。
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