中央流行疫情指揮中心新任指揮官由衛福部次長王必勝接任，新任副指揮官為交通部次長陳彥伯和經濟部次長陳正祺，王必勝昨坦言，指揮中心未來將朝開放觀光振興經濟走。專家認為，中央已改由次長任指揮官，各縣市政府疫情指揮中心不應再由縣市長擔任指揮官，應盡快下調成由衛生局長或市府主秘、副市長擔任，且許多縣市長早已無心防疫，皆在忙年底選舉，指揮中心實際上「名存實亡」。
前疾管局副局長施文儀表示，前任指揮官陳時中已於訪問中提及，交棒給次長擔任指揮官就是「類降級」。然而類降級有很多種表現方式，像是現在副指揮官從先前的內政部次長，轉成由經濟部、交通部次長擔任，工作目標調整很明顯是為了解封。
施文儀指出，防疫視同作戰，然而中央已經示範指揮官改由次長擔任，若各縣市疫情指揮中心，仍然由縣市長擔任指揮官，「代表地方官員腦袋動得太慢」，現在講求有效率、快速的有能政府，若官員仍然慢吞吞不調整，很難博取人民認同，要爭取選票更加困難。
施文儀表示，疫情導致許多行政作業受到影響，而公務體系運作中，最擔心公務員只是「應付」，浪費公帑沒效率，現在各縣市疫情指揮中心應該比照中央，當指揮官已換人，縣市指揮中心應該調整為衛生局長或市府主秘、副市長擔任，避免指揮中心空轉沒運作「名存實亡」。
施文儀直言，近期根據他了解，許多縣市首長早已無參與疫情會議，而是忙年底選舉，防疫會議則丟給基層公務人員，他呼籲縣市政府應該要有效率，應盡快調整指揮中心開設等級。
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