國內兒童染疫併發腦炎情況備受關注，至今十名兒童死亡，其中五例腦炎、二例肺炎、一例敗血症、一例家中死亡、一例腦腫瘤。兒童腦炎病例增加，臨床表現多樣化，小兒科權威、衛福部前部長林奏延喊話，兒童醫療不能照大人思維，應及早找出治療時間點，且兒童治療不只要救活，而是要「沒有後遺症的治療」。
兒童確診引起嚴重併發症，指揮中心五月廿一日訂定「兒童臨床處置相關指引」後 ，昨天又舉行「兒童新冠病毒感染警訊症狀與急診處置」線上研討會，台中榮總兒童心臟科主任詹聖霖引用美國數據推估，國內十八歲以下可能染疫數恐達八十萬，中重症數落在二至六萬人，死亡數三二○至八四○人。
不過，台灣兒童感染症醫學會理事長邱南昌表示，國內一發現兒童出現神經性重症病例，兒科馬上動員，立即訂定相關指引，請大家不要用美國模式推估，「我不相信台灣會有這樣的結果」，請大家對台灣的醫療要有信心。
林奏延表示，雖經相關醫學會制訂新冠兒童腦炎治療處置指引，兒科醫師處理腦炎有很大的進步。但他強調，針對腦炎兒童有兩件事很重要，一是找出治療關鍵、疾病變化的時間點，第二是兒童治療不是只有救活，是要讓他們沒有後遺症的治療。
台灣兒科醫學會理事長李宏昌表示，近期兒童重症增加很多，很多兒科醫師憂心忡忡，紛紛喊話學會建議指揮中心恢復三級警戒。但國家有政策考量，且一、兩歲孩子不會自己跑到外面感染新冠病毒，多是大人帶回來，建議民眾若家中有一至二歲孩童，可自己在家升三級，像是戴口罩，不要把病毒傳給小孩。
衛福部次長石崇良表示，衛福部緊急醫療應變中心可協助各醫院取得加護病床資訊，協助轉診；目前也開放五至十一歲孩童施打疫苗，若已經染疫的孩子，建議感染後間隔三個月施打疫苗。針對疑似腦炎確診兒童，目前指引中已列入藥物治療，皆由公費給付，不會有健保給付問題。
詹聖霖引用美國數據，二○二○年三月至去年十二月，十八歲以下有八萬二七九八人染疫，無症狀占六成六、輕症二成七、中症百分之五、重症百分之二；依內政部公布十八歲以下約四百萬人推算兩成染疫率，全台十八歲以下將有八十萬名染疫，以兩種模型推估，中重症數落在二至六萬人，死亡數三二○至八四○人。
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