兒童重症累計十四例，其中六例腦炎，已造成五人死亡，染疫幼童如併發腦炎，致死率相當高。專家表示，確診幼童併發腦炎的機制仍不清楚，但觀察流感、腸病毒等臨床現象，確實出現少部分病童併發腦炎，甚至致死案例，這可能是病毒傳染病的共同特徵，家長務必留意前驅症狀。
兒童急診醫學會榮譽理事長、長庚醫院兒童加護科主任夏紹軒指出，回顧國內幾個腦炎重症病例，大部分都燒到四十一度，不過，確診是否腦炎，不能只看體溫，還需注意其他症狀。
夏紹軒說，指揮中心公布「體溫大於四十一度、意識不佳、持續昏睡、持續頭痛、持續嘔吐、肌躍型抽搐、抽搐和步態不穩」等八個腦炎前驅症狀，提醒家長和臨床醫師多加留意，建議只要出現兩個相關症狀就應該就醫；家長可以先透過視訊診療或給兒科醫師診療，並詳述孩子狀況，幫助醫師綜合研判。
台大醫院小兒部感染科主治醫師呂俊毅表示，雖然絕大部分兒童感染新冠後為輕症，但仍有少數兒童併發腦炎，真正致病機轉仍尚待釐清，大一點的孩子務必接種疫苗以降低重症風險。五歲以下幼童無疫苗可打，只能給予抗病毒藥物或依症狀給予降腦壓藥物，或投以免疫球蛋白、類固醇抑制發炎。
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