Delta入侵國內導致疫情升溫，從桃園機師、新北幼兒園到板橋大樓，延燒北市裝修夫妻染疫，出現多起群聚案，指揮中心進行基因定序，發現幼兒園確診案例的Delta病毒，與機師案、屏東枋山案的Delta完全不同，是第三種全新序列。近期北市松山區一名國一生確診，也將加速基因定序。專家認為，病毒一直在變異，不同序列的Delta毒性、傳染力差異不大，許多年輕人無症狀、輕症，要減少社區隱形傳播，除匡列防疫管控，最後仍要靠疫苗。
指揮官陳時中表示，幼兒園確診Delta經過基因定序，與先前桃園國籍航空機師確診的Delta定序不同，與先前屏東群聚案更加不同、且差異更大，也沒有與國內境外移入病例相同，代表是全新序列。他強調，病毒本就就會變異，不用因為出現新序列，就賦予太大意義，也並非代表過去有潛藏病例。對於幼兒園群聚案，陳時中說，不敢說疫情可控制，因部分人在隔離檢驗中，至少沒有惡化。指揮中心跟國衛院及研究檢查組，會研議如何增快檢驗速度。
林口長庚醫院副院長、感染科醫師邱政洵表示，病毒會不斷變異，各國病毒株都不一樣，基因定序目的是供流行病學參考，是看傳染途徑，只要變種位置不在抗體辨識部位，基本上這幾類Delta毒性、傳染力差不多。他認為，新冠病毒漸漸「流感化」，無症狀、輕症佔多數，但傳染力還是在，政府應加速檢驗揪出確診者，民眾也要提高警覺，有相關接觸史、處在高風險區塊，有症狀就要去就醫。
邱政洵表示，社區或許有潛藏隱形傳播鍊，像新北幼兒園群聚，傳到老師才浮出水面，接連抓出一堆小朋友及家庭感染，若沒有幼兒園事件，這一群確診者不知何時才會被偵測到。以目前狀況，北區學校風險較高，但不排除南部也會有，預防性停課很辛苦，小孩影響就學、家長影響工作，對國家發展、生產力都是一種傷害，力道需拿捏剛好。
邱政洵舉例，以美國六、七月疫情狀況，感染Delta多半是年輕人、以及廿二至廿八歲青少年，廿一至廿五歲的確診率甚至遠高於五十歲以上民眾，即便年長者死亡率高於青少年，青少年仍容易感染，變為社區傳播者。目前有兩種作為，一種是施打疫苗，一種是防疫管控，家長突然接收停課通知，心理難免不舒服，但因應防疫必須採檢、停課等待檢驗報告，未來還是要提高警覺。
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