部立桃園醫院收治全國最多新冠肺炎確診個案，院內感染擴及20人，很可能肇因於這波疫情收治方式，未按照傳染病防治醫療網分工，部桃承擔了不該由它來做的事。前疾管局局長蘇益仁表示，SARS後還沒建立責任醫院體系，這次應趕快做好。他呼籲由國家經費支持南北各一間國家級感染症專責醫院，並結合鄰近研究單位，完備其研究及檢驗量能；另於六都各指定一部立醫院擔任後送醫院，必要時由當地醫學中心支援。
台大醫學系教授暨防疫科學研究中心國際合作計畫主持人黃韻如等人日前投書指出，北區傳染病防治醫療網的「指定應變醫院」是部桃新屋分院，平時就有區塊清空等演練，受稽查的相關項目也較多。確診個案理論上應由新屋優先收治，再按收治量能分流至次一級的「隔離醫院」，即部桃。
上述投書提醒，這次防疫未啟動網區應變醫院，導致「平時的練兵沙盤推演，與變時真正上前線作戰的，是不同批人員，而平時演練熟悉的兵推情境，無法在戰時真正臨場測試。」傳染病防治醫療網北區指揮官黃玉成表示，應變醫院確實督考比較多，每年都會演練一到兩次，按照分工是理想狀況，但現實會有差距。
黃玉成解釋，目前六區的應變醫院，全部都不是重度急救責任醫院，所以重症或狀況不明的個案得先由部桃這類重度急救責任醫院收治，很穩定的輕症才會考慮由新屋收。中國、新加玻有國家級感染症專責醫院，需要有充裕的經費和人力，台灣並沒有這樣的醫院。
蘇益仁表示，台灣經歷2003年SARS之後，主要是強化了以中央為主體的防疫體系，例如防疫醫師、病毒實驗室、中央及六區指揮體系，還有及醫院感控，例如分區動線管制、分艙分流等。但建置到後期，責任醫院這一塊，就還沒有好好建立。
蘇益仁表示，這次部桃無形中變成應變醫院，但該院的感染科醫師、值班人力，平常就很吃緊。部桃事件也凸顯出防治醫療網出現矛盾，例如各層級醫院平常要做什麼工作？疫情時要具備什麼程度的功能？新冠肺炎疫情後，確實應檢討、重新規劃，建立體系和作業流程，一大重點就是成立國家級感染症專責醫院。
蘇益仁以這次疫情控制得宜的越南為例，法國在越南設立了兩個國家級感染症責任醫院，一北一南。北部的責任醫院位於河內，醫院旁就是牛津大學設立的熱帶醫學研究中心，作為該醫院的檢驗和研究的後盾，越南當地的醫學院博士班也能透過參與研究，取得牛津大學的博士學位。
蘇益仁建議，應由國家經費支持，在南、北各選定一間公立醫院，作為國家級感染症專責醫院，專門處理新興感染症、第一類或第五類傳染病。建議可選擇在國門附近的醫院，例如部桃新屋分院、高雄小港醫院，可惜小港醫院已非公立醫院，屬於公辦民營。
另外，由六都的部立醫院，作為專責醫院的後送醫院，負責不同區域性、不同層次的感染症。必要時可以由醫學中心支援後送醫院，例如部立台南醫院就由成大醫院支援、部立台中醫院就由中國附醫支援。蘇益仁提醒，醫學中心不適合做國家級感染症專責醫院，因為醫學中心的功能應盡可能維持在正常狀態，如果因感染症垮掉，影響太大。
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