新冠肺炎疫情爆發首起院內感染，越來越多個案感染原因不明，這也使得本土個案數超過境外移入個案。前疾管局（現為疾管署）副局長施文儀就在臉書發文「SOS！大巧不工，別再刻花」，認為指揮中心現階段仍重視疫情調查，積極追查感染源，精神及專業固然可佩，但不切實際，放著未來迫切的整備工作不做，深覺不妥。
中央疫情指揮中心於二月二十七日升級為一級開設，對於國內疫情仍定調為「零星社區感染」，不肯鬆口進入社區感染階段，這對疫調第一線人員來說，負擔十分沉重。
疾病管制署防疫醫師陳孟妤日前演講中提到疫情調查共有十個步驟，相當繁瑣，細節包括，事前準備工作、確認診斷、確認是否有群聚發生、統計個案數、計算人時地分佈、推行初步疫情控制措施、建立及測試可能的假說、計畫進一步分析或研究、實施新控制措施或評估現有措施、溝通調查結果。
疾管署第一線防疫人員小可（化名）表示，疫調防疫原則為「往前追蹤感染源，往後匡列接觸者」，須靠「問話」來釐清發病日。通常發病日會由防疫醫師協助釐清，每次疫調時一名承辦人通常搭配一位防疫醫師，兩人至醫院詢問指標個案，包含發燒、症狀等日期，因此必須病人不斷回溯所有事情，最後由醫師綜合線索定調發病日期。
小可說，疫情剛開始時疫調相對簡單，然而從案十九開始，出現沒有旅遊史的確診病例，「劇情」變得複雜。他說，「目前最大的壓力不是疫調，而指揮中心遲遲不願意鬆口社區感染」，為此，上面「想盡辦法符合大眾期待」，希望疫調人員能夠找到明確感染源，但隨著個案增多，若續做如此精密的疫調報告，遲早拖垮所有防疫量能。
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