為了因應新冠肺炎疫情，國內於一月初成立防疫指揮中心，防堵成效受外界肯定，但專家認為仍有改善空間，政府跨部會聯繫應再加強；民眾也要配合，不應成為防疫破口。
台灣兒童感染症醫學會理事長李秉穎指出，現在民眾不配合居家檢疫、亂填健康聲明書、不誠實告知旅遊史等亂象，顯示罰款手腕不夠。防疫如同作戰，人權被限縮是必要的，他建議應該居家隔離還趴趴走的民眾，應該比照酒駕罰則，違法者硬性規定接受廿四小時教育訓練，被關幾天都是合理的。
而台大副校長張上淳觀察，在這次防疫作戰中，最奇特現象就是口罩之亂，引爆關鍵在於中央與地方不同步。中央一開始宣布全國備有四千多萬片口罩，足供國人使用，卻有專家建議，全民都應戴口罩，那口罩怎夠用？
教育部建議，學生上下學都應戴口罩，許多家長擔憂孩子被感染，排隊搶購口罩，李秉穎建議，各部會頒布相關政令前，應先討論溝通。再以陸配子女入境為例，陸委會放寬入境標準，還開兩次記者會，但才隔幾個小時，指揮中心宣布撤回原先規定，確實讓不少人認為政策混亂。
張上淳說，SARS後，各縣市均建立防治醫療網，而各醫院感控措施也做得不錯，但時間一久逐漸鬆懈，政府應正視問題。
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