國內BA.5新冠肺炎正處高峰，指揮中心再度修改重複感染定義。指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞表示，因八月中出現不同變異株的BA.5疫情，導致先前個案BA.2後也會重複感染BA.5，因次經過專家會議於九月底放寬，只要14天後再次驗出陽性，且出現症狀惡化，就算重複確診。
原先重複感染判定標準，為確診3個月內出現新的症狀、或是原本症狀惡化，例如發燒、或是慢性症狀等，PCR採檢陽性（Ct
羅一鈞表示，新冠肺炎疫情以來，已有3萬110人通報為重複感染，透過醫師研判仍通報兩次發病在30天內者有635例。新的「COVID-19重複感染(reinfection)定義及個案處置原則」如下：
一、重複感染定義及處置：
(一)距前一次發病日或採檢日14天起至3個月內，如原慢性症狀惡化、或出現發燒或有新呼吸道症狀，且SARS-CoV-2 RT-PCR檢驗陽性且Ct值
(二)距前一次發病日或採檢日三個月以上，PCR檢驗陽性或抗原、核酸快篩陽性者，原則視為新感染個案，依現行確診病例處理原則，啟動相關防疫措施及醫療處置。但此類對象如經醫師綜合評估，例如目前有無疑似症狀、接觸史、旅遊史、快篩檢驗結果、PCR檢驗結果陽性Ct值≥30等，認為非屬新感染個案，則排除確診。
二、距前一次發病日起14天內，PCR檢驗陽性或抗原、核酸快篩陽性者，原則視為同一病程。
三、重複感染個案如有採集PCR陽性檢體，衛生單位或臨床醫師可評估送衛生福利部疾病管制署檢驗及疫苗研製中心進行基因定序，以持續國內監測SARS-CoV-2變異株流行現況。
四、為促進用藥時效，重複感染個案於研判確定後，可由診斷之臨床醫師逕行依專業用藥，若臨床醫師、衛生機關或各區傳染病防治網區正、副指揮官對於用藥時機有疑義時，可依網區指揮官指示修正。
指揮中心表示，前述事項及醫療院所通報流程等已於今(2022)年9月30日函知各地方政府衛生局轉轄區醫療院所辦理，相關防治措施亦將視國內疫情變化適時調整，確保國內防疫安全。
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