據衛福部國健署統計，全國取得母嬰親善認證的醫療院所共一百八十二家，平均每十名新生兒就有八名在親善院所出生。事實上，取得認證與否，院所能獲得的補助不多，主要是「榮譽」。
專家認為，因第一線人力不足，母嬰同室也帶給護理人員壓力，「立意雖好，但制度仍需調整」。
台中榮總新生兒科主治醫師陳昭惠說，對醫院而言，取得親善認證後僅是一項榮耀，補助並不多；而推動母嬰同室面臨的挑戰，包括第一線護理人員工作量太多太大、人力不足，花在產婦與寶寶的時間相對較少，使得母嬰親善品質未必能達到理想目標。
禾馨婦產科專業母胎兒醫學中心並未加入母嬰親善院所認證，該中心執行長蘇怡寧表示，母嬰同室能增加親子互動，但強制執行造成媽媽壓力，就扭曲原有好意；推動此制度應更有彈性、更人性化，太刻意執行會造成媽媽排斥、恐懼，產婦得不到休息，就更不利母乳哺餵。
蘇怡寧說，禾馨雖不加入認證也未強制執行母嬰同室，但也鼓勵推動母嬰接觸，母乳哺餵成功率很高，「可見母嬰同室非妖魔鬼怪，是食古不化的制度的錯。」
台灣母乳協會秘書長高宜伶則說，母嬰同室、親餵母乳是世界衛生組織鼓勵方向，早期肌膚接觸可讓寶寶情緒、呼吸穩定、比較不容易哭鬧，也利建立親子關係，若媽媽哺餵母乳有困難，也可請醫師開處方，針對早產兒或生病新生兒申請母乳庫奶水。
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