第12輪疫苗接種分階段陸續預約、接種，本次開放BNT第一劑和AZ、莫德納疫苗第二劑。但接種第二劑的民眾，有的是接到地方通知施打，有的卻要上中央系統預約，被外界批評中央地方不同調。指揮中心莊人祥表示，北市針對65歲以上先用自己的預約系統來登記，目的是針對第一劑造冊者規劃，「這是可以理解的」。
而台北市設計不同層級醫療院所分別施打三種疫苗來防呆，有媒體詢問是否也要求偏鄉使用類似的防呆機制接種。
莊人祥表示，目前診所只能打一種新冠疫苗，也可以打流感疫苗；有的則是分不同時段接種不同疫苗。醫院部分，也請各大型接種站若要打兩種以上疫苗，需依據不同時段門診規畫人流動向，以避免發生錯誤，接種計畫中都有相關說明。
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