科學家、公共衛生專家、政府機構都一致認為，若按指示使用，微波爐非常安全。安全使用的注意事項包括：
1.用微波爐加熱塑膠很危險。
最安全的作法是避免把任何塑膠容器放進微波爐。密爾瓦基一家報紙曾測試貼有「微波爐適用」標籤、廣告宣傳給嬰兒用的塑膠容器，但在微波爐加熱後，發現還是會釋出「有毒分量」的酚甲烷（Bisphenol A），也就是說對實驗室動物會造成神經和發育傷害。
其實「微波爐適用」這個詞並未受政府管制，所以其代表的意義為何並不清楚。測試顯示，冷凍套餐盤、可微波湯品容器和嬰兒食品塑膠包裝，都含有酚甲烷，因此微波加熱時，最好用玻璃或陶瓷容器。
2.在微波爐加熱一杯水，會使其爆炸。
微波爐有個潛在危險，就是可能使你被加熱的水燙傷。裝在陶瓷或玻璃容器的水，若在微波爐加熱太久，氣泡無法形成，水卻可能超過煮沸點。若伸手去拿杯子或放東西進杯子，熱氣會猛烈釋出，致使沸水從杯裡噴濺，所以水加熱的時間盡量短。
3.用微波爐烹煮可能加熱不均勻。
微波爐不見得都能對食物均勻加熱，有時一邊熱了，另一邊還是冷的。如果你煮生肉，這點可能有危險，因為未能殺死有害細菌。「科學公益中心」警告消費者，應詳細遵守加熱指示，包括放置時間，讓食物進一步煮熟。
4.微波爐是煮蔬菜的最健康方式之一。
因為微波爐能迅速烹煮，不用很多水，就像蒸一樣。把青菜放在水裡煮，會使一些養分流入水裡。保住養分的最佳烹調法，是迅速烹煮，最短時間內就能加熱食物，而且水用的很少。微波爐符合所有這些要求，例如研究顯示，微波爐最能保持孢子甘藍的顏色和抗癌的植物生化素。
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