腸病毒71型自1998年在台肆虐後，每隔數年就有一次流行。衛福部前部長林奏延表示，隨防疫SOP機制建立，衛生條件改善，以國人對腸病毒的認識，加上治療技術進步，最近幾年若有腸病毒71型流行，重症、死亡數都大幅減少。反而是大陸、東南亞，如越南等地，疫情嚴重，大陸過去幾年幾年，腸病毒71型每年都造成幾百人死亡。
而腸病毒防疫與治療也是我國研究團隊最重視的問題，台大醫學院小兒科教授張鑾英說，1998的重大疫情讓醫界警覺，台灣開始投入疫苗研究，但由於法規嚴格限制，臨床試驗收案數也少，廿年過去了，目前國內藥廠已完成一、二期臨床試驗，才要進入第三期臨床試驗階段。
張鑾英表示，近年腸病毒71型造成重症、死亡人數減少，疫苗問世是否需要全面接種，有待評估。林奏延認為，疫苗即將在數年內問世，建議政府搭配新南向政策，將疫苗輸出至東南亞等流行疫區，讓台灣也能對其他各國的醫療做出貢獻。
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